首先兩種設備采用的激光器光源不同，PCB激光切割機通常采用的是紫外激光器或綠光激光器;而金屬激光切割機通常采用的是光纖激光器或CO2激光器;兩種設備的工作性質有較大的差異，在使用功率上也有很大的差異，PCB激光切割機使用的功率一般不會超過30W(紫外激光器)，而金屬激光切割機根據材料的厚度可達到10KW以上(光纖激光器)。

另一部分需要區分的是，在PCB行業中有一部分是鋁基板或者是陶瓷基板采用的是脈沖光纖激光器;而某些廠家也會采用低功率的CO2激光器去加工PCB線路板，通常是100W以下激光器。其次PCB激光切割機采用的是紫外激光器，能夠兼容切割0.2mm以下的超薄金屬材料;而大功率光纖或者CO2則不能對超薄金屬材料切割，容易出現毛刺、發黑、變形的狀況。

第二，切割性質上的差異。PCB激光切割機是采用振鏡掃描的方式，通過來回多次掃描，一層一層去除形成切割;而金屬激光切割機是采用準直聚焦系統配備同軸輔助氣體，一次性對材料形成穿透切割。

第三，結構差異。金屬激光切割機通常采用大的龍門式機床，采用伺服電機;而PCB激光切割機則是采用大理石穩定平臺，采用直線電機，并標配的有CCD相機視覺，相對的位置切割精度、切割尺寸精度、定位精度都要優異于金屬激光切割機，兩者是不同類型的產品。